1998年
5月初
在1978年死于Umbrella内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“T”病毒双重影响下重生，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，并发誓报复Umbrella。
5月11日
在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰（John）死亡。
5月14日
浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。
5月20日
阿克雷山区发生第一例生化怪物攻击人类事件。
数天后
浣熊市郊的阿克雷山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。
5月21日
Umbrella研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。
5月27日
浣熊时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。
6月初
位于浣熊市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。
6月16日
大规模的生化怪物出没于山区。
6月30日
瑞贝卡·查姆博斯（RebeccaChambers）以实地医护人员的身份加入S.T.A.R.S.的布拉瓦小队。
7月9日
警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队S.T.A.R.S.进入山区。
7月中旬
实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止S.T.A.R.S.布拉瓦小组和州警介入。
7月22日
合众国海军特种部队少尉比利·科恩（BillyCoen）因被指控在一次非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱S.T.A.R.S.部队进入灾害地区。
7月23日
马库斯博士的复仇计划开始。
当日20点
他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经阿克雷山区的列车。
2小时后
洋馆
洋馆
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。
7月24日
S.T.A.R.S.的布拉瓦小队失去联络已达24小时，威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队进入阿克雷山区计划通过阿尔法小队的实战收集各种b.o.w数据。
9月29日
以优异成绩毕业的警官里昂和为了寻找哥哥的下落的克里斯的妹妹克莱尔来到浣熊市。吉尔此时正被追踪者
克莱尔和里昂
克莱尔和里昂
（暴君-203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carlosoliveira）队长，幸存人员还有米克鲁（MichaelVictor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。过去曾任KGB（克格勃，全称为“苏联国家安全委员会”，类似美国的CIA）组织的领导人。烈哥拉（NicholaiGinovaef）35岁，U.B.C.S.士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。
10月初
被污染地区包围而四面楚歌的浣熊市已无任何挽救的希望，病毒借助下水管道感染了其中的生物并借此进入城市。灾变很快以污染源所在的城区为中心向全城蔓延。市内紧急部署的军力在很短的时间内就逐渐瓦解。浣熊市渐渐沦为一座被病毒完全侵蚀的人间地狱。美国军方很快封锁了该片区域并投入大规模的军队控制事态进一步
浣熊市沦为可怕的人间炼狱
浣熊市沦为可怕的人间炼狱
恶化。
几天后进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五只暴君之后匆忙撤退，国家高层紧急通过了“灭菌”作战方案，数小时后，军方投放了一枚核弹，浣熊市于凌晨从地球上彻底抹去，超过10万人在此次灾变中死亡。史称浣熊市生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至H.C.F.的前任S.T.A.R.S.队长威斯克的救助下复活，威斯克从威廉身上得到“G病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯克一起逃出浣熊市。整个事件公开后，美国政府颁布了一条法令，无限期禁止安布雷拉的一切商业活动，导致安布雷拉最终破产。
10月中旬美国中央情报局和里昂取得连系，以雪莉与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。此后不久里昂参加了特种部队的训练。
11月22日宾赛德将“T病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
12月12日为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的洛克福特岛(Rockfort)军事训练所监禁。
12月27日
谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚·亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，命令阿尔伯特·威斯克率领特殊部队前往夺取。威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫（Steve）相遇。阿尔弗雷德·亚希福特与其发生激战并激活了洛克福德岛的自毁系统。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。两人在南极基地射伤了阿尔弗雷德，垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，通过一番艰难的对决，克里斯最终借助这一区域的高能武器消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则在此之前回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。
在1998年浣熊市生化危机爆发后，实际上有两支部队被派去击败守在浣熊市底下研究所的雇佣兵，并回收威廉博士持有的G病毒，分别是由汉克带领的U.S.S（安布雷拉秘密工作部队）Alpha小队和“狼母LUPO”带领的Bravo小队，在G病毒回收期间Alpha小队除队长汉克外全数阵亡，并导致威廉博士变异与病毒散入浣熊市下水道（生化危机2），而Bravo小队则在逃脱变异威廉博士的追杀后来到浣熊市市区，并且接到新任务——杀掉里昂.S.肯尼迪，期间遇到以EchoSix为首的美军特种部队，并在市政府，警察局等地与其激战（一定程度上接上了生化危机3和爆发的剧情），在与“复仇女神”等变异体激战后，USS部队得知里昂躲了起来，并被美军保护着，而且得知浣熊市即将被摧毁，USS小队要想撤退就必须杀掉里昂，于是USS部队内部起了矛盾，一方主张放走里昂，一方主张杀掉（由玩家选择），之后的剧情由玩家脑补。
之后添加了美军特种部队Echosix的剧情，是与USS部队反向的，回声小队的任务是找到藏于地下的安布雷拉设施，摧毁它，并且调查病毒事件的真相，不过期间遇到吉尔，而最后的决战则是无选择的与威廉博士对弈，里昂与克莱尔乘坐美军的直升机逃脱。